Nous sommes le 4 juillet 1976. Quatre terroristes, deux allemands et deux palestiniens, détournent un Airbus A300 en provenance d’Athènes à destination de Paris et prennent en otages les 239 passagers. Les palestiniens Fayez Abdul-Rahim Jaber et Jayel Naji al-Arjam font partie du Front populaire de libération de la Palestine. Quant aux deux allemands, Wilfried Böse et Brigitte Kuhlmann, ils sont militants des Cellules révolutionnaires, une organisation terroriste d’extrême gauche ayant sévi en Allemagne de l’Ouest pendant les années de plomb.
Après avoir forcé l’appareil à se poser à Entebbe en Ouganda, les preneurs d’otages souhaitent exposer au monde entier la lutte du peuple palestinien face à Israël. 83 ressortissants israéliens se trouvent à bord de l’avion, poussant le gouvernement du pays, mené par Yitzhak Rabin, à organiser la libération des otages dans ce qui deviendra « Le Raid d’Entebbe » ou « L’Opération Tonnerre ». Dans le film, Daniel Brühl incarne Wilfried Böse et Rosamund Pike campe sa complice, Brigitte Kuhlmann. Une fois à Entebbe, les deux pirates de l’air vont être confrontés au président Amin Dada et sa folie sanguinaire. C’est le comédien britannique Nonso Anozie, vue notamment dans Game of Thrones, qui prête sa carrure à ce personnage historique controversé.
Une fois finalisé le scénario de Otages à Entebbe, les producteurs ont recherché un réalisateur capable de cerner la complexité de cet épisode dramatique, mais aussi la tension et les séquences d’action qui lui sont propres. Ils ont sollicité José Padilha, à qui on doit plusieurs documentaires primés, Robocop le remake et quelques épisodes de la série télé Narcos, inspirée de faits réels. La productrice Kate Solomon avait vu son documentaire Bus 174 sur le détournement d’un bus au Brésil : « J’avais été vraiment tenue en haleine. José maintient une tension permanente, du premier au dernier plan, et on ne peut jamais prévoir ce qui va se passer à la séquence suivante. C’est un documentaire haletant et j’avais envie de travailler avec lui depuis très longtemps ».